中医系是全军唯一集培养中医药人才、开展中医药学术研究和服务保障官兵健康三大功能为一体的中医药综合基地。在本科教育中实现优生源、小规模、长学制、导师制、临床型、强特色、高质量的办学方向；加强传统文化和人文教育，突出中医师承教育。教师队伍中有中国中西医结合学会副会长、中国中西医结合学会妇产科专业委员会副主任委员、军队中医药学会副会长、上海市中西医结合学会副会长、上海市中医药学会副会长，军队“国医名师”，军队科技“银星”，上海市名中医，上海市医学领军人才，全军优秀教师，上海市科技启明星，学校特级教师等一批教学、临床经验丰富和科研能力强的优秀人才。

承担军队中医和中西医结合本科教育、研究生教育、留学生教育和部队中医药继续教育任务。拥有国家教育部中西医结合临床重点学科，国家中医药管理局“十二五”中西医结合临床重点学科，全国综合医院示范中医科，全军中医肿瘤研究所，全军中医药技能培训基地，“530工程”军事中医学重点建设学科，上海市中西医结合原发性肝癌重点病种建设项目，上海市示范中医科。是中西医结合博士后流动站、博士、硕士授权点。